Uno de los rasgos más característicos de la Filosofía de la Ciencia de Lakatos radica en el papel que en ella desempeña la Historia de la Ciencia. A nivel cientiífico y metodológico, Lakatos cambia la unidad de evaluación de la metodología de Popper: teorías aisladas (una unidad abstracta), por la noción histórica de Series de Teorías o Programas de Investigación Científica. A nivel metacientífico o metametodológico, introduce una nueva teoría: los Programas de Investigación Historiográfica para la evaluación de metodologías rivales. Las distintas metodologías pueden compararse criticando las Reconstrucciones Racionales a las que conducen, sin necesidad de hacer referencia directa a ninguna teoría lógica o epistemológica. Según palabras de otro célebre metodológico actual: <> (P.K. Feyerabend)
